The G.I. Joe ekibi sadece ölümlü düşmanları Cobra ile savaşmakla kalmayıp, hükümet içindeki tehditlerle de mücadele etmek zorunda kalıyor. Bu tehditler, ekibin var oluşunu ciddi şekilde tehlikeye atıyor. Film, Amerikanın en seçkin askeri birimlerinden biri olan G.I. Joe takımının hikayesini anlatıyor. Ancak burada kahramanlarımızın savaştığı kötüler sadece dışarıda değil, içeride de bulunuyor. Hükümet içerisindeki yozlaşmış güçler, bu özel takımın uzun süredir devam eden varlığını sorgulamaya ve hatta sona erdirmeye çalışıyor. Bu durum, ekibin hem dış düşmanlarına karşı savunmasını zorlaştırıyor hem de içerideki hainlerle uğraşmak zorunda bırakıyor. Dolayısıyla G.I. Joe ekibi, daha önce karşılaşmadıkları çifte bir tehditle yüzleşmek zorunda kalıyorlar. Filmin çatışma çizgisi bu çift yönlü tehditte odaklanıyor ve seyirciyi heyecan dolu bir aksiyon macerasına sürüklüyor. Yönetmenin bu dikkat çekici olay örgüsüne yaklaşımı ve bu olayları nasıl çözecekleri konusunda kahramanlarımızın stratejileri, izleyicilerin ekrana kilitlenmesine sebep oluyor. The G.I. Joe takımının bu zorlu mücadelesi, sadece bir aksiyon filmi izlemek isteyenler için değil, aynı zamanda politik entrikalar ve hükümet içindeki yozlaşmayı da merak edenler için biçilmiş kaftan.
